La sede canónica de nuestra Hermandad es la Iglesia del Mártir San Sebastián, situada en pleno centro de la ciudad, entre las calles San Sebastián, Canalejas y Méndez, Cristo del Amor y Gutiérrez de Alba.
Es de destacar su bonita espadaña, con el nido de cigüeñas y campanas procedentes de la antigua Iglesia de San Miguel.
El Párroco de esta Iglesia es D. Rafael Calderón García, siendo además el Director Espiritual de nuestra Hermandad y Arcipreste de la ciudad de Alcalá.
En el presbiterio, bajo una bóveda ovalada con pinturas de los cuatro evangelistas, se puede ver un retablo moderno ejecutado por Pineda Calderón; en él figura un lienzo a gran tamaño del mártir San Sebastián, pintado en 1954 por el pintor alcalareño Enrique Blanco Gavira.
En la nave del evangelio, se encuentran los lienzos de San Antonio de Padua con el Niño, el Cristo de Burgos y la Sagrada Familia, de los siglos XVII y XVIII. Junto a la imagen de un corazón de Jesús obra de Pineda Calderón, está la capilla del Sagrario, presidida por un retablo de Pineda Calderón con una escultura de la Inmaculada, obra del escultor Sebastián Santos del siglo XX, inspirada en la desaparecida de Duque Cornejo. En los laterales se encuentran cuatro lienzos, copias de Rubens, del siglo XX.
En la capilla contigua, cuya reja de hierro está fechada en 1852, se sitúan nuestras tres imágenes titulares obra de D. Manuel Pineda Calderón, habiendo sido remodelada con un retablo de estilo barroco, tallado por D. Manuel Guzmán Bejarano y dorado por D. Manuel Verdugo Guerrero, siendo bendecida por nuestro Arzobispo D. Carlos Amigo Vallejo el 5 de Abril de 2003.
En la nave de la epístola se abren dos capillas. En la capilla contigua a la sacristía se halla un misterio de Calvario, perteneciente a la «Hermandad de la Amargura», obra de Pineda Calderón, un lienzo de la Última Cena firmado por Manuel Sila Álvarez en 1976, y una escultura de San Juan Bautista del XIX.
En la otra capilla, construida en 1938, se encuentra un retablo moderno con la Virgen del Dulce Nombre de María, titular de esta Hermandad, San Antonio de Padua y San Isidro Labrador, todo ello obra de Pineda Calderón en la segunda mitad del siglo XX, siendo decorada en 1953 por el mismo, reposando sus restos bajo esta capilla.
Entre los objetos de orfebrería destacan una crismera de finales del XVI; un portapaz de plata dorada del primer tercio del XVIII; un copón de plata del segundo tercio del XVIII y un cáliz de plata repujada del principios del XIX.